谜团一：古人也会高科技合成颜料?
陶俑身上残存的彩绘颜色，经专家分析研究，发现其中很重要的一种成分硅酸铜钡被认为是人工制造的，这种紫色颜料目前在自然界中还未曾发现，如今的人们只有在超导世界里的衍生物中发现这种紫色物质，而如此高科技合成物怎会出现并应用在两千多年前的秦朝？
谜团二：将军俑什么样？
根据探测，专家推测在这次发掘的T23方区域里应该有将军俑，将军俑到底长什么样？他是不是工匠按照秦始皇的模样制成的呢？
谜团三：秦人咋会电子镀铬技术？
当年出土的青铜剑等青铜兵器，埋葬于地下两千多年却依然光亮如新，后经专家研究发现这些青铜剑表面有一层致密的铬盐氧化层。可是这种电子镀铬技术直至20世纪才出现，当年这个问题是如何解决的？至今无人知晓。
谜团四：谁焚毁了兵马俑坑?
关于兵马俑坑的焚毁原因，有些专家还认为是当时人们采取的燎祭葬俗。但也有专家认为兵马俑没有被人为焚烧过，这只是漫长岁月里，棚木在一定条件下发生炭化所致。相信通过这次发掘，考古人员对兵马俑焚烧之谜也许能得到更为清晰的认识。
与前两次发掘的区域相比，在即将发掘的一号坑T23方内，大量烧成黑色的棚木痕迹清晰可见，专家由此结合一号坑兵马俑出土被破坏的程度推断，兵马俑坑曾遭受过严重焚毁。那么，是谁焚烧了俑坑呢？由于史书没有任何记载，一些考古人员从文献资料推测，破坏兵马俑的人有可能是项羽。
谜团五：军阵是圆形还是方形?
关于一号坑军阵的排列问题，多年来一直争论不休。有人认为是一个方形的军阵，用来抵御外敌入侵，也有人认为是用于防守的圆形军阵，象征护卫秦始皇。究竟结果怎样，随着考古发掘的进一步深入，这个问题将会找到答案。
